ولموفق الدين عبد اللطيف البغدادي من الكتب كتاب غريب الحديث، جمع فيه غريب أبي عبيد القاسم بن سلام، وغريب ابن قتيبة، وغريب الخطابي، كتاب المجرد من غريب الحديث، كتاب الواضحة في إعراب الفاتحة، كتاب الألف واللام، مسألة في قوله سبحانه إذا أخرج يده لم يكد يراها، مسألة نحوية، مجموع مسائل نحوية وتعاليق، كتاب ربَّ، شرح بانت سعاد، كتاب ذيل الفصيح، الكلام في الذات والصفات الذاتية الجارية على ألسنة المتكلمين، شرح أوائل المفصل، خمس مسائل نحوية، شرح مقدمة ابن بابشاذ وسماه باللمع الكاملية، شرح الخطب النباتية، شرح الحديث المتسلسل، شرح سبعين حديثاً، شرح أربعين حديثاً طبية، كتاب الرد على ابن خطيب الري في تفسير سورة الإخلاص، كتاب كشف الظلامة عن قدامة،شرح نقد الشعر لقدامة، أحاديث مخرجة من الجمع بين الصحيحين، كتاب اللواء العزيز، باسم الملك العزيز في الحديث، كتاب قوانين البلاغة، عمله بحلب سنة خمس عشرة وستمائة، حواش على كتاب الخصائص لابن جني، كتاب الإنصاف، بين ابن بري وابن الخشاب على المقامات للحريري، وانتصار ابن بري للحريري، مسألة في قولهم أنت طالق في شهر قبل ما بعد قبلة رمضان، تفسير قوله عليه السلام الراحمون يرحمهم الرحمن، كتاب قبسة العجلان في النحو، اختصار كتاب الصناعتين للعسكري، اختصار كتاب العمدة لابن رشيق.
مقالة في الوفق، كتاب الجلي في الحساب الهندي، اختصار كتاب النبات لأبي حنيفة الدينوري وكتاب آخر في فنه مثله، اختصار مادة البقاء للتميمي، كتاب الفصول وهو بلغة الحكيم سبع مقالات فرغ منه في شهر رمضان سنة ثمان وستمائة، شرح كتاب الفصول لأبقراط، شرح كتاب تقدمة المعرفة لأبقراط، اختصار وشرح جالينوس لكتب الأمراض الحادة لأبقراط، اختصار كتاب الحيوان لأرسطوطاليس، تهذيب مسائل مابال لأرسطوطاليس، كتاب آخر في فنه مثله، اختصار كتاب منافع الأعضاء لجالينوس، اختصار كتاب آراء بقراط وأفلاطن، اختصار كتاب الجنسين، اختصار كتاب الصوت، اختصار كتاب المني، اختصار كتاب آلات التنفس، اختصار كتاب العضل، اختصار كتاب الحيوان للجاحظ، كتاب في آلات التنفس وأفعالها ست مقالات مقالة في قسمة الحميات وما يتقوم به كل واحد منها وكيفية تولدها، كتاب النخبة وهو خلاصة الأمراض الحادة، اختصار كتاب الحميات للإسرائيلي، اختصار كتاب البول للإسرائيلي، اختصار كتاب النبض للإسرائيلي، كتاب أخبار مصر الكبير، كتاب أخبار مصر الصغير، مقالتان، وترجمة كتاب الإفادة والاعتبار في الأمور المشاهدة والحوادث المعاينة بأرض مصر، وفرغ من تأليفه في العاشر من شعبان سنة ثلاث وستمائة بالبيت المقدس،كتاب تاريخ وهو يتضمن سيرته ألفه لولده شرف الدين يوسف، مقالة في العطش، مقالة في الماء، مقالة في إحصاء مقاصد واضعي الكتب في كتبهم وما يتبع ذلك من المنافع والمضار، مقالة في معنى الجوهر والعرض، مقالة موجزة في النفس، مقالة في الحركات المعتاضة، مقالة في العادات، الكلمة في الربوبية.