مقالة في الدلائل، وصف فيها أبواباً من الدلائل التي يستدل بها على معرفة كل واحد من الأمراض، كتاب في النبض، كتاب في الحميات، كتاب في البول مستخرج من كتاب أبقراط وجالينوس، كتاب في معرفة أوجاع المعدة وعلاجها، مقالتان، كتاب في حالات الأعضاء، مقالة في ماء البقول، كتاب في اليبس، كتاب في حفظ الأسنان واللثة، كتاب فيمن يولد لثمانية أشهر، على طريق المسألة والجواب، ألفه لأم ولد المتوكل، كتاب في امتحان الأطباء، كتاب في طبائع الأغذية وتدبير الأبدان كتاب في أسماء الأدوية المفردة، على حروف المعجم، كتاب في مسائله العربية، كتاب في تسمية الأعضاء على ما رتبها جالينوس، كتاب في تركيب العين، مقالة في المد والجزر، كتاب في أفعال الشمس والقمر، كتاب في تدبير السوداويين، كتاب في تدبير الأصحاء بالمطعم والمشرب، كتاب في اللبن، كتاب في تدبير المستسقين، كتاب في أسرار الأدوية المركبة، كتاب في أسرار الفلاسفة في الباه، جوامع كتاب السماء والعالم، كتاب في المنطق، كتاب في النحو، مقالة في خلق الإنسان، وأنه من مصلحته، والتفضل عليه جعل محتاجاً، كتاب فيما يقرأ قبل كتب أفلاطن، مقالة في تولد النار بين الحجرين، كتاب الفوائد، ومقالة في الحمام، مقالة في الآجال مقالة في الدغدغة، مقالة في ضيق النفس، كتاب في اختلاف الطعوم، كتاب في تشريح آلات الغذاء، ثلاث مقالات، تفسير كتاب النفخ لأبقراط، تفسير كتاب حفظ الصحة لروفس، تفسير كتاب الأدوية المكتومة لجالينوس يبين فيه شرح ما ذكره جالينوس في كل واحد من الأدوية، رسالة في دلالة القدر على التوحيد، رسالة إلى سلمويه بن بنان عما سأله من ترجمة مقالة جالينوس في العادات، كتاب في أحكام الإعراب على مذهب اليونانيين، مقالتان مقالة في السبب الذي من أجله صارت مياه البحر مالحة، مقالة في الألوان، كتاب قاطيغورياس على رأي ثامسطيوس، مقالة، مقالة في تولد الحصاة مقالة في اختيار الأدوية المحرقة، كتاب في مياه الحمامات على طريق المسألة والجواب، كتاب نوادر الفلاسفة والحكماء وآداب المعلمين القدماء، كناش اختصره من كتاب بولس، مقالة في تقاسيم علل العين، كتاب اختيار أدوية علل العين مقالة في الصراع، كتاب الفلاحة، مقالة في التركيب مما وافقه عليه الفاضلان أبقراط وجالينوس مقالة تتعلق بحفظ الصحة وغيرها، كلام في الآثار العلوية مقالة في قوس قزح.
كتاب تاريخ العالم والمبدأ والأنبياء والملوك والأمم والخلفاء والملوك في الإسلام، وابتدأ فيه من آدم ومن أتى من بعده، وذكر ملوك بني إسرائيل وملوك اليونانيين والروم، وذكر ابتداء الإسلام وملوك بني أمية وملوك بني هاشم إلى الوقت الذي كان فيه حنين بن إسحاق، وهو زمان المتوكل على اللّه، حل بعض شكوك جاسيوس الإسكندراني على كتاب الأعضاء الآلمة لجالينوس رسالة فيما أصابه من المحن والشدائد كتاب إلى علي بن يحيى جواب كتابه فيما دعاه إليه من دين الإسلام، جوامع ما في المقالة الأولى والثانية والثالثة من كتاب أبيذيميا لأبقراط على طريق المسألة والجواب، مقالة في كون الجنين جمع من أقاويل جالينوس وبقراط، جوامع تفسير القدماء اليونانيين لكتاب أرسطوطاليس في السماء والعالم مسائل مقدمة لكتاب فرفوريوس المعروف بالمدخل؛ وينبغي أن يقرأ قبل كتاب فرفوريوس شرح كتاب الفراسة لأرسطاطاليس، كتاب دفع مضار الأغذية كتاب الزينة، كتاب خواص الأحجار، كتاب البيطرة، كتاب حفظ الأسنان كتاب في إدراك حقيقة الأديان.
إسحاق بن حنين