كتاب في تجربة الطبيعة، مقالة واحدة يقتص فيها حجج أصحاب التجربة، وأصحاب القياس بعضهم على بعض، كتاب في الحث على تعميم الطب، مقالة واحدة، وقال حنين أن كتاب جالينوس هذا نسخ فيه كتاب مينودوطس، وهو كتاب حسن نافع ظريف، كتاب في جمل التجربة مقالة واحدة، كتاب في محنة أفضل الأطباء مقالة واحدة، كتاب فيما يعتقده رأياً مقالة واحدة يصف فيها ما علم وما لم يعلم، كتاب في الأسماء الطبية وغرضه فيه أن يبين أمر الأسماء التي استعملها الأطباء على أي المعاني استعملوها، وجعله خمس مقالات، والذي وجدناه قد نقل إلى اللغة العربية إنما هي المقالة الأولى التي ترجمها حبيش الأعسم، كتاب البرهان هذا الكتاب جعله في خمس عشرة مقالة، وغرضه فيه أن يبين كيف الطريق في تبيين ضرورة، وذلك كان غرض أرسطوطاليس في كتابه الرابع من المنطق، قال حنين ولم يقع إلى هذه الغاية إلى أحد من أهل دهرنا لكتاب البرهان نسخة تامة باليونانية، على أن جبرائيل قد كان عني بطلبه عناية شديدة، وطلبته أنا أيضاً بغاية الطلب، وجلت في طلبه بلاد الجزيرة، والشام كلها، وفلسطين، ومصر إلى أن بلغت إلى الاسكندرية، فلم أجد منه شيئاً إلا بدمشق نحواً من نصفه، إلا أنها غير متوالية ولا تامة، وقد كان جبرائيل أيضاً وجد منه مقالات ليست كلها المقالات التي وجدت بأعيانها، وترجم له أبوب ما وجد منها، وأما أنا فلم تطلب نفسي بترجمة شيء منها إلا باستكمال قراءتها لما هي عليه من النقصان والاختلال، وللطمع وتشوق النفس إلى وجدان تمام الكتاب، ثم أني ترجمت ما وجدت منه إلى السريانية، وهو جزء يسير من المقالة الثانية، وأكثر المقالة الثالثة ونحواً من نصف المقالة الرابعة من أولها فإنه سقط، وأما سائر المقالات الأخر فوجدت إلى آخر الكتاب ما خلا المقالة الخامسة عشرة، وترجم إسحاق بن حنين من المقالة الثانية عشرة إلى المقالة الخامسة عشرة إلى العربية، كتاب في القياسات الوضعية، مقالة واحدة، كتاب في قوام الصناعات، قال حنين إنه لم يجد من هذا الكتاب باليونانية إلا نتفاً منه، كتاب في تعرف الإنسان عيوب نفسه مقالتان، وقال حنين إنه لم يجد منه باليونانية إلا مقالة واحدة ناقصة، كتاب الأخلاق أربع مقالات، وغرضه فيه أن يصف أصناف الأخلاق وأسبابها ودلائلها ومداواتها، مقالة في صرف الاغتمام، كتبها لرجل سأله ما باله لم يره اغتم قط عندما ذهب جميع ما قد كان تركه في الخزائن العظمى لما احترقت برومية، فوصف له السبب في ذلك وبين بماذا يجب الاغتمام وبماذا لا يجب، مقالة في أن اختيار الناس قد ينتفعون بأعدائهم، كتاب فيما ذكر أفلاطون في كتابه المعروف بطيماوس من علم الطب، أربع مقالات، كتاب في أن قوى النفس تابعة لمزاج البدن، مقالة واحدة، وغرضه فيه بين من عنوانه، كتاب جوامع كتب أفلاطون، قال حنين ووجدت، من هذا الفن من الكتب، كتاباً آخر فيه أربع مقالات من ثمان مقالات لجالينوس فيها جوامع كتب أفلاطن، وفيه كتاب أقراطليس في الأسماء، وكتاب سوفسطيس في القسمة، وكتاب بوليطيقوس في المدبر، وكتاب برميندس في الصور وكتاب أوثيذيمس، وفي المقالة الثالثة جوامع الست المقالات الباقية من كتاب السياسة وجوامع الكتاب المعروف بطيماوس في العلم الطبيعي، وفي المقالة الرابعة جمل معاني الإثتي عشرة مقالة التي فيالسير لأفلاطن.
كتاب في أن المتحرك الأول لا يتحرك، مقالة واحدة كتاب المدخل إلى المنطق مقالة واحدة، يبين فيها الأشياء التي يحتاج إليها المتعلمون، وينتفعون بها في علم البرهان، مقالة في عدد المقاييس، تفسير الكتاب الثاني من كتب أرسطوطاليس وهو الذي يسمى باريمينياس، ثلاث مقالات وقال حنين إنه وجد له نسخة ناقصة، كتاب فيما يلزم الذي يلحن في كلامه، سبع مقالات، وقال حنين إن الذي وجده من هذا الكتاب مقالة واحدة ولم يترجمها