ثم والاه بكتابه في النفس فتكلم على رأيه في النفس، ونقض آراء جميع من قال فيها قولاً يخالف قوله واعتقد في ذاتيتها اعتقاداً غير اعتقاده، وقسمها إلى الغاذية، والحاسة والعاقلة، وذكر أحوال الغاذية، وشرح أمور الحواس، وفصل أسباب العقل، فذكر من ذلك ما كشف كل مستور وأوضح عن كل خفي، ثم ختم جميع ذلك بكتابه فيما بعد الطبيعة، وهو كتابه في الإلهيات فبين فيه أن الإله واحد، وأنه حكيم لا يجهل، وقادر لا يعجز، وجواد لا يبخل، فأحكم الأصول التي فيها يسلك إلى الحق فيدرك طبيعته وجوهره، توحيد ذاته وماهيته.فلما تبينت ذلك أفرغت وسعي في طلب علوم الفلسفة وهي ثلاثة علوم رياضية، وطبيعية، وإلهية، فتعلقت من هذه الأمور الثلاثة بالأصول والمبادئ التي ملكت بها فروعها، وتوقلت بأحكامها من حيث انخفاضها وعلوها، ثم إني رأيت طبيعة الإنسان قابلة للفساد،متهيئة إلى الفناء والنفاد وأنه، مع حدة الشباب وعنفوان الحداثة، تملك على فكرة طاعة التصور لهذه الأصول، فإذا صار إلى سن الشيخوخة وأوان الهرم قصرت طبيعته، وعجزت قوته الناطقة مع إخلاق آلتها، وفسادها عن القيام بما كانت تقوم به من ذلك، فشرحت ولخصت واختصرت من هذه الأصول الثلاثة ما أحاط فكري بتصوره، ووقف تمييزي على تدبره، وصنفت من فروعها ما جرى مجرى الإيضاح والإفصاح عن غوامض هذه الأمور الثلاثة إلى وقت قولي هذا، وهو ذو الحجة سنة سبع عشرة وأربعمائة لهجرة النبي صلى الله عليه وسلم، وأنا ما مدت لي الحياة باذل جهدي ومستفرغ قوتي في مثل ذلك توخياً به أموراً ثلاثة، أحدها إفادة من يطلب الحق ويؤثره في حياتي وبعد وفاتي، والآخر أني جعلت ذلك ارتياضاً لي بهذه الأمور في إثبات ما تصوره وأتقنه فكري من تلك العلوم، والثالث أني صيرته ذخيرة وعدة لزمان الشيخوخة وأوان الهرم، فكنت في ذلك كما قال جالينوس في المقالة السابعة من كتابه في حيلة البرء إنما قصدت وأقصد في وضع ماوضعته وأضعه من الكتب إلى أحد أمرين إما إلى نفع في حيلة البرء، أفيده إياه، وإما أن أتعجل أنا في ذلك رياضة أروض بها نفسي في وقت وضعي إياه، وأجعله ذخيرة لوقت الشيخوخة، قال محمد بن الحسن وأنا أشرح ما صنعته في الأصول الثلاثة ليوقف منه على موضع عنايتي بطلب الحق وحرصي على إدراكه، وتعلم حقيقة ما ذكرته من عزوف نفسي عن مماثلة العوام الرعاع الأغبياء وسموها إلى مشابهة أولياء اللَّه الأخيار الأتقياء، فما صنعته في العلوم الرياضية خمسة وعشرون كتاباً أحدها شرح أصول إقليدس في الهندسة والعدد وتلخيصه.
والثاني كتاب جمعت فيه الأصول الهندسية والعددية من كتاب إقليدس وأبلونيوس، ونوعت فيه الأصول وقسمتها، وبرهنت عليها ببراهين نظمتها من الأمور التعليمية والحسية والمنطقية، حتى انتظم ذلك مع انتقاض توالي إقليدس وأبلونيوس.
والثالث شرح المجسطي وتلخيصه شرحاً وتلخيصاً برهانياً لم أخرج منه شيئاً إلى الحساب إلى اليسير، وإن أخر اللَّه في الأجل، وأمكن الزمان من الفراغ، استأنفت الشرح المستقصي لذلك الذي أخرجه به إلى الأمور العددية والحسابية.
والرابع الكتاب الجامع في أصول الحساب وهو كتاب استخرجت أصوله لجميع أنواع الحساب، من أوضاع إقليدس في أصول الهندسة والعدد، وجعلت السلوك في استخراج المسائل الحسابية بجهتي التحليل الهندسي والتقدير العددي، وعدلت فيه عن أوضاع الجبريين وألفاظهم.
والخامس كتاب لخصت فيه علم المناظر من كتابي إقليدس وبطليموس وتممته بمعاني المقالة الأولى المفقودة من كتاب بطليموس .
والسادس كتاب في تحليل المسائل الهندسية.
والسابع كتاب في تحليل المسائل العددية بجهة الجبر والمقابلة مبرهناً.
والثامن كتاب جمعت فيه القول على تحليل المسائل الهندسية والعددية جميعاً، لكن القول على المسائل العددية غير مبرهن بل هو موضوع على أصول الجبر والمقابلة، والتاسع كتاب في المساحة على جهة الأصول.
والعاشر كتاب في حساب المعاملات.
والحادي عشر مقالة في إجارات الحفور والأبنية بجميع الأشكال الهندسية، حتى بلغت في ذلك إلى أشكال قطوع المخروط الثلاثة المكافئ والزائد والناقص.
والثاني عشر تلخيص مقالات أبلونيوس في قطوع المخروطات.
والثالث عشر مقالة في الحساب الهندي.