4- كتاب الإشارات الإلهية.
5- كتاب الزلفة، أو الزلفى.
6- المقابسة، (المقابسات) .
7- كتاب تقريظ الجاحظ.
8- كتاب ذم الوزيرين.
9- كتاب الحج العقلي إذا ضاق الفضاء عن الحج الشرعي.
10- كتاب الرسالة في صلات الفقهاء في المناظرة.
11- كتاب الرسالة البغدادية.
12- كتاب الرسالة في أخبار الصوفية.
13- كتاب الرسالة في الحنين إلى الأوطان.
14- كتاب البصائر وهو عشرة مجلدات.
15- كتاب المحاضرات والمناظرات.
وهنالك كتب أخرى سوى هذه التي ذكرها ياقوت هي:
كتاب الحوامل والشوامل، ورسائل عدة مثل حكاية أبي القاسم البغدادي، ورسالة الحياة، ورسالة السقيفة، ورسالة في علم الكتابة، ورسالة في العلوم، ومناظرة بين أبي بشر متى بن يونس وأبي سعيد السيرافي.
وأما كتبه المطبوعة والمنشورة فهي:
1- رسالة الصديق والصداقة.
2- الإمتاع والمؤانسة.
3- الإشارات الإلهية.
4- ثلاث رسائل (العلوم، السقيفة، علم الكتابة) .
5- البصائر والذخائر.
6- حكاية أبي القاسم البغدادي.
7- مما نشره أحمد فارس الشدياق، صاحب «الجوائب» بالأستانة: رسالتان للعلامة الشهير أبي حيان التوحيدي، رسالة الصداقة والصديق، ورسالة العلوم سنة 1884.
8- المقابسات.
9- مناظرة بين أبي بشر متى بن يونس القبائي وأبي سعيد السيرافي في المنطق اليوناني والنحو العربي.