ولأبي نصر الفارابي من الكتب شرح كتاب المجسطي لبطليموس شرح كتاب البرهان لأرسطوطاليس، شرح كتاب الخطابة لأرسطوطاليس، شرح المقالة الثانية والثامنة من كتاب الجدل لأرسطوطاليس، شرح كتاب المغالطة لأرسطوطاليس شرج كتاب القياس لأرسطو طاليس وهو الشرح الكبير شرح كتاب باريمينياس لأرسطوطاليس على جهة التعليق، شرح كتاب المقولات لأرسطوطاليس على جهة التعليق، كتاب المختصر الكبير في المنطق، كتاب المختصر الصغير في المنطق على طريقة المتكلمين، كتاب المختصر الأوسط في القياس، كتاب التوطئة في المنطق، شرح كتاب إيساغوجي لفرفوريوس، إملاء في معاني إيساغوجي، كتاب القياس الصغير، ووجد كتابه هذا مترجماً بخطه، إحصاء القضايا والقياسات التي تستعمل على العموم في جميع الصنائع القياسية، كتاب شروط القياس، كتاب البرهان، كتاب الجدل، كتاب المواضع المنتزعة من المقالة الثامنة في الجدل، كتاب المواضع المغلطة، كتاب اكتساب المقدمات وهي المسماة بالمواضع وهي التحليل، كلام في المقدمات المختلطة من وجودي وضروري، كلام في الخلاء صدر لكتاب الخطابة، شرح كتاب السماع الطبيعي لأرسطوطاليس على جهة التعليق، شرح كتاب السماء والعالم لأرسطوطاليس على جهة التعليق، شرح كتاب الآثار العلوية لأرسطوطاليس على جهة التعليق، شرح مقالة الإسكندر الأفروديسي في النفس على جهة التعليق، شرح صدر كتاب الأخلاق لأرسطوطاليس، كتاب في النواميس، كتاب إحصاء العلوم وترتيبها، كتاب الفلسفتين لفلاطن وأرسطوطاليس مخروم الآخر، كتاب المدينة الفاضلة والمدينة الجاهلة والمدينة الفاسقة والمدينة المبدلة والمدينة الضالة، ابتدأ بتأليف هذا الكتاب ببغداد، وحمله إلى الشام في آخر سنة ثلاثين وثلاثمائة، وتممه بدمشق في سنة إحدى وثلاثين وثلاثمائة، وحرره ثم نظر في النسخة بعد التحرير فأثبت فيها الأبواب، ثم سأله بعض الناس أن يجعل له فصولاً تدل على قسمة معانيه فعمل الفصول بمصر في سنة سبع وثلاثين، وهي ستة فصول، كتاب مبادي آراء المدينة الفاضلة، كتاب الألفاظ والحروف كتاب الموسيقا الكبير، ألفه للوزير أبي جعفر محمد بن القاسم الكرخي، كتاب في إحصاء الإيقاع كلام له في النقلة مضافاً إلى الإيقاع، كلام في الموسيقا، مختصر فصول فلسفية منتزعة من كتب الفلاسفة، كتاب المبادئ الإنسانية، كتاب الرد على الرازي في العلم الإلهي، كتاب الرد على جالينوس فيما تأوله من كلام أرسطوطاليس على غير معناه، كتاب الرد على ابن الراوندي في أدب الجدل، كتاب الرد على يحيى النحوي فيما رد به على أرسطوطاليس كتاب الرد على الرازي في العلم الإلهي كتاب الواحد والوحدة، كلام له في الحيز والمقدار، كتاب في العقل صغير، كتاب في العقل كبير، كلام له في معنى اسم الفلسفة، كتاب الموجودات المتغيرة الموجودة بالكلام الطبيعي، كتاب شرائط البرهان، كلام له شرح المستعلق من مصادر المقالة الأولى والخامسة من إقليدس، كلام في اتفاق آراء أبقراط وأفلاطن، رسالة في التنبيه على أسباب السعادة، كلام في الجزء وما لا يتجزأ.
كلام في اسم الفلسفة وسبب ظهورها وأسماء المبرزين فيها وعلى من قرأ منهم، كلام في الجن، كلام في الجوهر، كتاب في الفحص المدني، كتاب السياسات المدنية ويعرف بمبادئ الموجودات، كلام في الملة والفقه مدني، كلام جمعه من أقاويل النبي صلى الله عليه وسلم يشير فيه إلى صناعة المنطق، كتاب في الخطابة كبير، عشرون مجلداً، رسالة في قواد الجيوش، كلام في المعايش والحروب، كتاب في التأثيرات العلوية، مقالة في الجهة التي يصح عليها القول بأحكام النجوم،كتاب في الفصول المنتزعة للاجتماعات، كتاب في الحيل والنواميس، كلام له في الرؤيا، كتاب في صناعة الكتابة، شرح كتاب البرهان لأرسطوطاليس على طريق التعليق، أملاه على إبراهيم بن عدي تلميذ له بحلب، كلام له في العلم الإلهي، شرح المواضع المستغلقة من كتاب قاطيغورياس لأرسطوطاليس ويعرف بتعليقات الحواشي، كلام في أعضاء الحيوان، كتاب مختصر جميع الكتب المنطقية، كتاب المدخل إلى المطنق.